หน่วยงานขึ้นตรงกับอธิบดี

กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร
มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับ  
  1. เสนอแนะและให้คำปรึกษาแก่อธิบดีกรมอุตุนิยมวิทยาเกี่ยวกับยุทธศาสตร์การพัฒนาระบบราชการภายในกรม

  2. ติดตาม ประเมินผล และจัดทำรายงานเกี่ยวกับการพัฒนาระบบราชการในกรม

  3. ประสานและดำเนินการเกี่ยวกับการพัฒนาระบบราชการร่วมกับหน่วยงานกลางต่าง ๆและหน่วยงานภายในกรม

  4. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย

กลุ่มตรวจสอบภายใน
มีอำนาจหน้าที่เกี่ยวกับ  
  1. ดำเนินการเกี่ยวกับการตรวจสอบด้านการบริหาร การเงิน และการบัญชีของกรม

  2. ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย